1988年6月，教育部决定取消中等和高等教育免费的规定，小学仍为免费教育。各地区教育发展很不平衡，北方教育发展较快。全国人口的64%为文盲，25%的学龄儿童不能入学。2003年全国有中、小学校13559所，综合大学5所，专科院校11所，在校学生约497万人，其中大学生约24万人，教师约13万人。喀土穆大学建于1902年，是苏丹最早建立的高等学府。恩图曼伊斯兰大学建于1912年。